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닐스 카이 예르네(덴마크어: Niels Kaj Jerne, FRS, 1911년 12월 23일~1994년 10월 7일)는 영국 출신의 덴마크의 면역학자이다. 1984년에 면역체계의 특이적 발달과 조절 이론, 단일클론항체 생산 원리에 대한 연구로 조르주 J. F. 쾰러, 세사르 밀스테인과 함께 노벨 생리학·의학상을 수상했다.
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